亚太财经与发展中心是财政部直属事业单位，总部设址于上海国家会计学院。2007年5月经财政部批准，中心下设综合处、财经研究所、项目一处、项目二处和宣传处五个内设机构；设立北京分部，下设综合处、研究处、外联处三个内设机构。